Hauptziel von Peer Instruction ist es, die Studierenden zur aktiven Mitarbeit in der Vorlesung zu motivieren. Dabei sollen sie sich auf die zugrunde liegenden Konzepte konzentrieren. Anstatt Details vorzustellen, die im Lehrbuch oder im Vorlesungsskript bereits behandelt worden sind, beschränkt sich die Vorlesung auf eine kurze Vorstellung von Kernbegriffen. Nach jedem Kernbegriff wird eine ConcepTest-Frage gestellt, das sind kurze Multiple-Choice Fragen (MC) zum konzeptionellen Verständnis des gerade behandelten Kernbegriffs. Den Studierenden wird eine gewisse Zeit gegeben, um sich eine Antwort zu überlegen. Danach werden sie aufgefordert, ihre individuelle Antwort mit den Sitznachbarn zu diskutieren. Dies zwingt die Studierenden über die entwickelten Begründungen nachzudenken und gibt ihnen (und dem Dozenten) die Möglichkeit, ihr Verständnis des vorgestellten Konzepts zu überprüfen.
Haben die meisten der Studierenden die richtige Antwort zur ConcepTest-Frage gegeben, dann geht es zügig zum nächsten Kernbegriff weiter. Ist die Anzahl der richtigen Antworten zu gering (also etwa kleiner als 30 %), drossle ich das Vorlesungstempo, gehe auf den behandelten Sachverhalt noch einmal ausführlicher ein und überprüfe anschließend das Ergebnis mit einer weiteren ConcepTest-Frage. Diese eingebaute mögliche Wiederholungssequenz verhindert ein Auseinanderdriften der Erwartungen der Lehrperson und dem tatsächlichen Verständnis der Studierenden – eine Kluft, die, wenn sie sich einmal aufgetan hat, mit der Zeit tiefer wird, bis man schließlich die gesamte Zuhörerschaft verloren hat.