Der Evolutionsprozess wird von Maturana als 'strukturelles Driften' oder Treiben lebender Systeme verstanden. Dabei bestehen diejenigen Lebewesen fort, die ihre autopoietische Organisation bewahren können. Lebewesen sind an ihre Umwelt (das Milieu) lediglich strukturell gekoppelt: Umwelteinflüsse stellen für sie Störeinwirkungen dar. Die eigendynamischen Veränderungen der Lebewesen und die davon unabhängige Dynamik der Veränderungen des Milieus sind normalerweise miteinander verträglich. Solange Lebewesen in der Lage sind, die Störeinwirkungen der Umwelt zu kompensieren, und sie dabei nicht die Umwelt zerstören, können sie fortbestehen. Eine einseitige Anpassung der Lebewesen an ihre Umwelt findet nach Maturana weder in der Phylogenese (Evolution) noch in der Ontogenese (der individuellen Entwicklung) eines Lebewesens statt. Für das Überleben von Lebewesen ist nur die Fortsetzung der Autopoiese erforderlich.